第一個問題。
零售業涉及產品包括有形（銷售的物品）及無形的（服務）。主要的控制點是產品的符合性（有效期、價格），以及服務的有效性（態度、速度）等。初步建議以下標準可考慮：
ISO9001:2015 (Quality Management System, 質量管理體系)，主要目的是為了對整個零售過程（含采購、售后服務等）進行規范管理。56家門店，規模不小，可以考慮采取集團認證模式，通過部分內容的集中管理和可復制，最大程度地減少各門店管理不一致性帶來的風險，減少體系實施過程中的復雜性。
HACCP (Hazard Analysis Critical Control Point, 危害分析和關鍵控制點)，強調預防性的食品安全控制體系。從問題中不能看出您們的門店性質（售賣各類物品的大型超市，還是類似7-11的小型零售超市），如果您們的超市售賣較多的生鮮食品，或制作熟食，那么可以考慮。
除此之外，我個人從行業特性來看，認為并無更多必要實施其他標準的認證需求。可能更多地是要對供應商進行二方審核，保證采購產品的質量；同時，接受各種不同政府部門的檢查，比如衛生許可、健康許可、安全消防許可、各類檢驗報告等。
第二個問題沒有實例提供。
第三個問題。
這個說來太長了，您可以去查詢資料，或者直接咨詢一些認證機構。一般說來，至少是要分為兩步。第一步，貴方建立了體系并運行了一段時間，有足夠的證據證明該體系是滿足了法律法規、標準要求，體系在充分性、有效性、適宜性上達到了預期要求并持續改善著，可以考慮申請認證。
這個過程包括方針、目標的建立和監控，文件化體系的建立和運行、內審、管理評審。對于ISO9001，最低需要3個月的績效監控和趨勢分析。
第二步，提出認證申請。通常機構會與貴方溝通，核實相關信息，初步確認認證要求、范圍、時間等，報價、排期等。根據組織的規模、行業特點和生產復雜程度，安排一階段審核，確認組織主要信息、文件化體系的相關狀況并評估，通過的話，進行二階段審核（即現場審核）。
第四個問題。
對于認證機構(Certification Body, CB)來說，第一需要確認其是否有該標準的認證資質。ISO9001理論上所有的機構都有認證資格，但HACCP就不見得都可以。
第二，機構能不能接受認證申請的重要前提是它是否有對應審核代碼的審核員。如果沒有，則需要經過認可的專家陪同無此代碼的審核員一起審核 - 當然審核效果就有可能會打折扣。但是，對于一些冷門行業的認證，這樣的情況較為常見。
通常說來，一些大型的認證機構都應該會有認證資格，并提供專業的審核人員及較完善的服務。
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